En su primera temporada en el banquillo del San Paolo, Ancelotti mantuvo al conjunto napolitano como el principal oponente de la Juventus de Turín en el país transalpino, finalizando en 2ª posición, a 11 puntos del líder. El 23 de noviembre, se celebró la Junta General de Accionistas en la cual se hizo realidad uno de los puntos primordiales del programa de la candidatura de Ángel Haro, Ahora Betis Ahora, aprobándose una ampliación de capital en 36 869 nuevas acciones (para restituir el capital social cuyos derechos se encontraban suspendidos por el Juzgado de lo Mercantil de Sevilla) para su posterior venta entre accionistas y abonados a un precio de 120 €, equipaje de futbol y la adquisición de 23 056 acciones a Manuel Ruiz de Lopera y Luis Oliver Albesa para la venta a accionistas en paquetes de 210 títulos a un precio de 476,69 € cada una.
La barra fue fundada el 20 de noviembre de 1997 en Medellín, y más tarde fueron apareciendo las demás filiales de «Los Del Sur» en las principales ciudades del país. Años atrás sobresalió el «Kinder de Zubeldía», y con ello más tarde salieron grandes jugadores como Andrés Escobar, Víctor Hugo Aristizabal, Juan Pablo Ángel, Víctor Marulanda, Aquivaldo Mosquera, Camilo Zuñiga, David Ospina, entre otros.
En cuartos el rival fue el Barcelona, vigente campeón de la Recopa anterior, y se logró ganar 0-1 en el Camp Nou con gol de Pablo y luego en la vuelta se ganó 4-3 en un disputadísimo partido con dos goles de Saura y uno de Bonhof y otro de Kempes. En la administración de Botero, el club consiguió la Recopa y el Torneo Apertura de 2017, luego del fracaso del Torneo Finalización de 2017 y la Superliga de 2018, Andrés Botero Phillipsbourne decidió renunciar a la dirigencia de Nacional, cargo que ocupó durante once meses.
Desde marzo de 2017, Andrés Botero Phillipsbourne se desempeñaba como presidente de Atlético Nacional, luego que Juan Carlos de La Cuesta renunciara. A partir del 24 de abril de 2021 se nombra presidente a Emilio Gutiérrez Gómez. A partir del 9 de febrero de 2018 Juan David Pérez se desempeña como presidente de Atlético Nacional. El modelo dirigencial de Nacional es algo diferente a lo que se maneja en el resto del mundo, pues todo el patrimonio pertenece a la Organización Ardila Lülle y la elección de presidentes y demás es decisión del comité ejecutivo. El club no posee socios y su estructura económica se basa en el patrocinio de Postobón (empresa perteneciente a la misma organización).
En 1992 nació «Escándalo Verde», esta fue la primera barra con la infraestructura y la organización suficiente como para acompañar al equipo cada vez que jugaba, se localizó en la tribuna oriental y su fundador fue Carlos Goez. En 1992 se creó el primer grupo de hinchas del Escándalo Verde que querían hacer algo diferente para alentar al Atlético Nacional. Mi Nacional es el nombre de cada uno de los sectores de comunicación del club, como un programa de radio emitido por los 710 AM de Radio Red de Medellín, un periódico vendido por Atlético Nacional en las Tiendas Verdes y a las afueras del Estadio Atanasio Girardot, un programa de televisión emitido por Telemedellín que inició en el año 2016 y una aplicación móvil para IOS y Android, descargable por medio del App Store y Google Play.
Desde el 26 de abril de 2019 el club cuenta con una app oficial que se encuentra en IOS y Android, descargable por medio de App Store y Google Play donde se encuentra todo lo relacionado con el club. El club cuenta con escuelas de formación en: Primera A Sub-20, Primera C, Juvenil, Sub-17, Sub-16, Sub-15, Sub-13, Pony, Pre-Pony. Fuera del país cuenta con escuelas en Miami y Orlando (Florida, Estados Unidos).